Hmm sehr komisch.
Starte Mal in die original Firmware (ohne AMS-PLUS) und lösche Mal alle deine gekoppelten Controller über die Einstellungen.
Verbinde dann deine Joycons die du verwenden möchtest mit der switch und Versuch sie nochmal unter Hekate zu dumpen.
Am besten gleich noch ein Firmware Update der Controller machen.