Aaaaaaalso...
Die angesprochene DSTWO lief (hauptsächlich) im DS Modus. Emulation auf einem (New) 3DS dürfte deutlich besser sein, allein schon wegen der höheren Auflösung (DS: 256x192, 3DS hast du ja selbst geschrieben).
Es gibt quasi 2 Flashkarten für 3DS Spiele, die auf der aktuellen 3DS Firmware laufen: die Sky3DS+ und die Stargate 3DS. Wie die funktionieren, weißt du ja schon. Encryptet 3DS ROMs ins Hauptverzeichnis der SD, umschalten mit den Tasten. Allerdings sind die nicht mehr besonders gut verfügbar, beispielsweise wurde ein Teil vom Stargate Team Hops genommen. Wenn du noch eine Sky3DS+ hast, ist die der aktuelle Stand der Technik.
Was sich anstatt dessen durchgesetzt hat, ist eine CFW (Custom Firmware), die kostenlos ist. Dort werden wie schon herausgestellt .CIA Dateien mit FBI installiert. .3DS kann in .CIA umgewandelt werden. Die .CIA Dateien werden auf der internen SD vom 3DS gespeichert. Für Mods, Patches, Cheats usw. wird eine CFW benötigt.
Um Homebrew wie Emulatoren auf dem 3DS auszuführen, muss er gehackt werden. Auch Homebrew wird von der SD ausgeführt. Aber den Homebrew Launcher solltest du ja schon installiert haben, da "Die 3ds ist optimiert".
3DS Homebrew kommt auf der SD Karte als .3dsx in den /3ds Ordner - oder wird als CIA mit FBI installiert. Häufig steht beides zur Verfügung. Der große Unterschied ist, dass CIAs im Hauptmenü erscheinen während 3dsx im Homebrew Launcher landet. Welche Homebrews man nutzen will, hängt natürlich stark von den Interessen ab. Custom Badges, Themes, ein Video Player, Half-Life, Doom, Quake, OpenTTD, OpenRCT2 und viele mehr. Häufig enthalten Homebrews auch eine Readme-Datei mit wichtigen Infos.
Ich denke für Retrospiele werden meist RetroArch oder Virtual Console Injektionen genutzt. Die Virtual Console enthält offizielle Emulatoren von Nintendo. Für GBA Spiele gibt es außerdem ein weiteres Tool, weil die nativ auf der Hardware laufen können.
FTPony und FTBrony waren übrigens Vorgänger von FTPD.