Häng mal bitte beide Joycons in die OFW ein und entkoppel sie über (Einstellungen / Controller), danach koppeln sie sich neu!
Nimm sie dann erstmal ab und schau ob sie sich verbinden, wenn nicht geh auf das Controller Icon und dort siehst du beide Joycons, klick darauf und klick den button auf den joycons zum pairen, das müsste immer funktionieren, manchmal braucht es aber bisschen Geduld!
Wenn alles klappt musst du das Profil dann mit tegra explorer + joycon script in die cfw übertragen damit sie auch dort genutzt werden können, sonst sind sie in der ofw wieder entkoppelt.