Die Spielstände befinden sich im emuMMC, der sich auf der kleineren FAT32 Partition befindet. Deine unter dem emuMMC installierten Spiele sind in dem emuMMC Ordner abgelegt, genauer gesagt, unter emuMMC/RAW1/Nintendo. Was unter dem sysNand installiert wurde, liegt im Nintendo Ordner im Root der SD-Karte. Wenn du alles so durchführst, wie von mir beschrieben, hast du keinen Datenverlust zu befürchten. Solltest du hingegen weiterhin mit deiner größeren Partition auf exFAT bleiben wollen, dann sind deine Daten nicht sicher und es droht Datenverlust!!!
setze ich eigentlich alles frisch neu auf, oder?
Das ist eigentlich nicht erforderlich! Du hast ja bereits einen Partition emuMMC eingerichtet und musst nur die exFAT Partition neu einrichten, was aber durchs Neuformatieren nach FAT32 und das Kopieren von Daten zu bewältigen ist, ohne dafür Spielstände oder installierte Spiele verlieren zu müssen.