Beim Werksreset wird der gesamte Nand geleert und auf den Auslieferungszustand zurückgesetzt, sowie dein Content im Nintendo Ordner gelöscht. Solltest du im Anschluss eine Meldung erhalten, dass deine SD-Karte zu einer anderen Installation gehört (oder so ähnlich) und zum Formatieren deiner SD-Karte aufgefordert werden, kannst du das bedenkenlos bestätigen, denn dadurch wird dein bestehender Nintendo Ordner zurückgesetzt und neu zugewiesen. Es wird dadurch nicht deine SD-Karte formatiert!
Edit:
und genau für diese Situation, wie sie dir widerfahren ist, ist der emuNand (SD-Datei Variante) unverzichtbar! Wenn du nämlich regelmäßig eine Sicherung der Ordner Emutendo und sxos/emunand erstellst, kannst du durch einfaches Zurückkopieren dieser Ordner, den letzten Zustand zum Zeitpunkt der Sicherung wieder herstellen und musst nicht, wie es jetzt der Fall ist, alles von Grund auf neu einrichten.