Theoretisch muesste man, wenn man als Beispiel das Linux Mint nimmt, neben den ganzen Patches fuer den Kernel entweder das wieder so bauen, dass der Loader das findet, was er erwartet oder halt den Loader (den Payload) selber anpassen.
Im Payload sind die Pfade hart codiert, deswegen gibt es auch unterschiedliche Loader fuer gentoo etc...