Das Problem sind diese Dateien. Mir kommt es so vor das durch den falschen Payload die Systemdateien beschädigt wurden oder sehe das falsch?
Nein, es kann durchaus der Fall sein, dass deine SD-Karte den Geist aufgibt. Die Daten im atmosphere Ordner sind auch unwichtig! Wichtig wäre nur die Sicherung der Ordner:
emuMMC
Nintendo
sowie das Backup der emuMMC Partition.
Auf alles andere kann hier verzichtet werden!