1. muss der Emunand bei neuen Versionen auch neu erstellt, um zu sehen ob er nun schneller läuft, oder reicht hier einfach das Updaten von Atmosphere XL?
Wenn sich an den Verweisen in der emummc.ini nichts ändern sollte, ist alleine nur das Aktualisieren von AtmoXL ausreichend. Sollte sich jedoch etwas ändern (wovon ich zunächst einmal nicht ausgehe) wird sich das nicht auf das emuMMC Image und den installierten Content auswirken, sondern nur auf eine Änderung in den Einträgen der emummc.ini, was auch eine Umstrukturierung der Ordner nach sich ziehen würde. Eine Neueinrichtung des emuMMC ist dann jedoch nicht erforderlich.
2. Ich werde mir demnächst eine größere SD Karte besorgen (dümpel auf 64 GB rum ) Reicht es hier einfach 1:1 die Dateien zu kopieren, oder muss ich den Emunand Erstellprozess hier zuerst neu durchführen?
Nein, wenn du einen Datei emuMMC eingerichtet haben solltest, brauchst du nur die SD-Karte 1 zu 1 kopieren.
3. Wenn ich Retroarch auf dem Emunand laufen lassen will, muss dieser trotzdem ins Root Verzeichnis der SD Karte, oder unter den Ordner des Emunand?
Die Retroarch NRO liegt im switch Ordner und ist damit unabhängig davon, ob die CFW nun im sysMMC oder emuMMC ausgeführt wird. In dieser Hinsicht brauchst du nichts weiter zu unternehmen.