Die stecken doch in "... SD KARTE\emuMMC\RAW1\Nintendo\Contents\registered" korrekt??
eigentlich schon. was steht denn in der emummc.ini bei nintendo_path ? Das ist der Pfad zum Contentordner und sollte dann bei dir auch auf "emuMMC\RAW1\Nintendo" stehen
bzgl. Alle Spiele sind weg, steht immer noch die Frage im Raum, "sind sie weg" also nicht mehr auf der SD obwohl du sie kopiert hast oder siehst du sie nur nicht in der CFW.
Wenn du sie nicht in der CFW siehst, hast du wahrscheinlich den NAND, wo sie installiert waren, nicht übernommen.
Wenn du die Spiele siehst, Sie aber die Wölkchen haben, dann wurde der NAnd übernommen aber der Content fehlt.