Hast du denn den Nintendo Ordner, der vor dem Zeitpunkt der emuMMC Erstellung bestanden hat, in diese o.g. Location kopiert? Denn nur dieser Ordner enthält auch den installierten Inhalt, der zu dem emuMMC passt. Einen etwaig im Root erneut vom System generierter Nintendo Ordner ist ohne Inhalt, enthält daher auch keine Daten zu dem im emuMMC verlinktem Content, und ist somit natürlich auch ohne Nutzen für die Verwendung unter dem emuMMC.
Solltest du diesen Ordner nicht mehr besitzen (weil du ihn gelöscht hast) musst du diese Titel mit den Clouds über den Icons einfach erneut installieren.