Einen Fehler habe ich gefunden: die emuMMC.ini habe ich nicht im externen Backup gelöscht.
Siehste! Damit ist dir schon mal mindestens ein Fehler unterlaufen! Hattest du denn die neue SD-Karte zuvor einmal auf Fehler überprüfen lassen, z.Bsp. mit h2testw? Eine fehlerhafte SD-Karte führt auch zu diesen Problemen.
Ich probiere es jetzt noch einmal mit dem Backup und restore des emuMMC. Muss ich die Sicherung der SD Karte denn wieder machen oder kann ich die Daten auf der neuen SD Karte lassen?
Nein, das brauchst du nicht. Wichtig ist nur, dass das für den Restore bestimmte Backup der emuMMC Partition zuvor positiv auf Fehlerfreiheit überprüft wurde!