Hallo @geves91 und herzlich willkommen!
Das Backup des Nands ist nur dann sauber, wenn zuvor keine CFW darüber genutzt wurde. Aber es ist auch unerheblich, weil dieses Backup nur für den Notfall gedacht ist. Wenn du nach der Erstellung des emuMMC den sysNand auf die Werkseinstellungen zurücksetzt, kannst du auch die Online Dienste von Nintendo nutzen.
Kann ich trotzdem mein altes Backup mit der FW 9.0.1 gegen das neuere eintauschen mit dem Emu-Tool oder wird es da ärger geben?
Wenn auch der Content noch dazu passen sollte, ist das kein Problem.