Der Unterschied liegt darin, dass der emuNand eine exakte Kopie deines aktuellen Systemspeichers (dem sysNand) ist. Das Backup wird grunsätzlich vom sysNand erstellt, wobei diese Daten auch zur Einrichtung des Datei emuNands verwendet werden können.
Hier die bezugnehmenden Themen:
[Anleitung] Wie erstelle ich ein Backup meines sysNands (SX OS)
[Anleitung] SX OS emuNand (SD Datei Variante) optimal einrichten (ab SX OS V2.3 / V2.4.1)
@memory2015 Ich würde dir empfehlen, nach der Einrichtungsanleitung für das SX OS vorzugehen, die in einem der Spoiler im unteren Abschnitt des Titelposts hier zu finden ist.