Nur wenn ich dann die neue CFW auf der neuen SD Karte starte gibts Probleme.
und genau das sollte ja nicht der Fall sein. Hast du die Einstellungen der emummc.ini mal verglichen ?
der nintendo_path sollte der gleiche sein oder wenn du was geändert hast, dann eben angepasst.
der path sollte emuMMC\RAW1 sein, enabled=1 sollte ja immer so sein und die ID= ist eigentlich egal aber wenn du vorher atmo hattest wird es vermutlich gleich sein.
und der sector sollte bei der neuen SD mit mehr partitionen ein anderer sein.