In diesem Fall würde ich einfach wieder die alte Version nutzen, wenn es damit problemlos gelaufen ist, oder du versuchst noch folgendes, was jedoch mit Aufwand verbunden ist, aber bei mir in ähnlichen Situationen oft geholfen hat:
Lagere den Inhalt deiner SD-Karte aus, formatiere sie erneut mit SAK/guiformat nach FAT32, kopiere anschließend alles wieder zurück und versuche dann noch einmal, den SX Installer v2.00 zu starten.