Hmm, es gibt diverse Sachen dazu im Web.
Alles was ich jetzt weiter dazu sagen könnte wäre rumraterei....
Ich hab gerade neulich auch wieder eine Wii fertig gemacht, auch Games von SD Karte und ich kann nur sagen: SD Karte FAT32 mit 32 Blocks/Cluster formatieren und dann die Ordnerstruktur, die du ja jetzt schon hast.
Meine .iso´s hab ich mit wbfs_file_1.3 umgewandelt, da ich selber die Anleitung von mir entdeckt hatte und alles läuft. Der CFG Loader ist (glaube ich) automatisch auf IOS249 eingestellt.
Im Zweifel würde ich einfach mal einen anderen Loader ausprobieren.