wenn du JKSV hast, kannst du alle savestates sichern (extern natürlich) und später wieder einspielen.
Das folgende ist nur Hypothetisch, da ich mit der Konstellation CFW im SysNAND keinerlei Erfahrung habe und bei selbst gebauten CFW Systemen alles Mögliche vorkommen kann.
Wenn du amsPLUS nach der 5-Punkt Anleitung installierst, kommst du irgendwann an den Punkt wo du einen emuMMC erzeugst.
Dieser emuMMC wird aus dem SysNAND/eMMC erzeugt und somit sollten alle installierten Spiele auch im neu erzeugten emuMMC vorhanden/installiert sein.
Je nachdem wie groß deine SD-Karte ist, wäre evtl. eine neue SD sinnvoll und du hättest eine Sicherheitskopie, wenn etwas schief geht.
Aber wie schon gesagt, da deine Installation nicht nach einem Standart (amsPLUS) durchgeführt wurde, kann alles Mögliche bei dir installiert sein und somit ist es unglaublich schwer, eine genaue Herangehensweise vorzuschlagen.
Falls du zu amsPLUS wechseln möchtest, lies dir am besten mal die Anleitungen durch und vergleiche mit dem, was du schon hast. Damit kannst du dann am besten entscheiden wie du vorgehen kannst.